A APAE de Jundiaí já recebeu 4 vezes o Prêmio Bem Eficiente, concedido pela Kanitz & Associados. Neste prêmio são analisados resultados operacionais, organizacionais, financeiros, transparência e impacto social. Ele é revalidado de três em três anos.

OBJETIVO
De âmbito nacional, o objetivo do Prêmio Bem Eficiente não é apenas destacar o volume de dinheiro destinado a quem precisa, mas principalmente o modelo de administração que as instituições possuem. A abertura das contas à auditoria de uma comissão julgadora possibilita o conhecimento mais profundo destas entidades e a forma como é aplicada a verba destinada às ações sociais.
FINALIDADE
Outra finalidade do prêmio é divulgar a seriedade das instituições filantrópicas do país para que haja contribuição de um maior número de brasileiros envolvidos em ações beneficentes, uma vez que são poucos aqueles que dedicam parte de seu tempo e dispensam recursos para ajudar os necessitados.